本体の充電口に埃や水が入らない様にするキャップの様な物はあるのでしょうか？

→現在販売中のモデルにはありません。

古いミニセグウェイには充電口を塞ぐキャップがありましたが、現在のモデルは品質もかなり改善されていますので、そこまで神経質になる必要はありません。
埃などはそれ程気にする必要はありませんが
以下２点だけは十分お気をつけください。

①水たまりを走らないこと。
※道交法で公道での走行は認められていません。道交法にしたがってお楽しみください。

②充電時に充電アダプターの挿入方向を間違えて強く押さないこと。

V-Boardの基本的な使用方法と充電方法
https://vivo-market.com/product/?p=301